Mezi jeho nejvýznamnější díla patří komiks Muriel a andělé, který je považován za nejlepší český komiks všech dob. Karel se také podílel na výtvarné stránce kultovních filmů, jako jsou Kdo chce zabít Jessii? nebo Čtyři vraždy stačí, drahoušku!.
Přestože bratry pojil blízký vztah, Jan se rozhodl Karla nenavštěvovat během jeho devítiletého pobytu v kómatu. Karel upadl do tohoto stavu na Velikonoce roku 2006, když se začal dusit jídlem. Díky rychlému zásahu jeho manželky Johany a záchranné služby se podařilo zachránit jeho život, ale zůstal ve vegetativním stavu. Jan Saudek se rozhodl bratra v nemocnici nenavštívit, protože si ho chtěl uchovat v paměti jako silného a vitálního člověka. „Miloval jsem ho, ale nechtěl jsem ho vidět umírat. Přišli jsme na svět společně a měli bychom spolu i odejít. Ale mně se na světě líbí,“ vysvětlil své rozhodnutí.
Kontroverzní vztah s dcerou
Jan Saudek byl vždy známý svým bouřlivým osobním životem. Na rozdíl od svého bratra Karla, který vedl spořádaný rodinný život s manželkou Johanou a dvěma dětmi, Jan prožil život plný milostných afér. Jeho postelí prošly stovky žen, od těch nejštíhlejších až po ženy s váhou přesahující dvě stě kilogramů. Jedním z nejvíce šokujících momentů jeho života byl vztah s vlastní dcerou Karolínou, který udržoval v osmdesátých letech.
Tento vztah vyústil dokonce v těhotenství. Jan si nechal od svého přítele lékaře zjistit, zda by dítě bylo po narození zdravé, a podle jeho slov by bylo vše v pořádku. Přesto se Karolína rozhodla pro potrat. Saudek tuto kontroverzní kapitolu svého života popsal ve své knize Jan Saudek na útěku. Tento vztah zůstává jedním z nejdiskutovanějších momentů jeho života a dodnes vyvolává silné emoce.
