Nicméně, Stiborek čelil v poslední době několika právním problémům. Byl obžalován z údajného vydírání dvou lékařů IKEM, Jana Pirka a Ivana Netuky. Podle obžaloby měl spolu se svými bývalými kolegy, Jiřím Malým a Petrem Raškou, vyvíjet tlak na tyto kardiochirurgy, aby ho nekritizovali, což by mu umožnilo obhájit svou pozici v konkurzu. Soudní řízení mělo začít v říjnu.
Kromě toho byl Stiborek obviněn z neoprávněného podnikání. Podle zjištění Seznam Zpráv provozoval úvěrový byznys, ve kterém rozpůjčoval více než 110 milionů korun bez potřebného povolení. Úvěry poskytoval na vysoké úroky, což vedlo k tomu, že někteří klienti nebyli schopni splácet a přišli o své byty v exekucích.
