Zlý byl od ledna loňského roku v pracovní neschopnosti. K osudnému zranění došlo 25. ledna 2024 během výjezdního zasedání policie v Podhradí nad Dyjí na jižní Moravě. Podle dostupných informací měl Zlý nešťastně upadnout, což vedlo k vážnému poranění hlavy a krvácení do mozku. Po incidentu byl nalezen v bezvědomí a následně uveden do umělého spánku, aby lékaři mohli stabilizovat jeho stav. Podstoupil několik náročných operací mozku, ale jeho zdravotní stav se ani po více než roce nevrátil do normálu.
Podle Marka Zlého, životního partnera bývalého šéfa dopravní policie, je Jiří Zlý stále pod dohledem odborníků a nachází se v péči specializovaného sanatoria. Zranění levé mozkové hemisféry, které utrpěl, má dlouhodobé následky, se kterými se stále potýká.
