Jak na něj vzpomínal ředitel Národního divadla Jan Burian, jeho herecký styl a inscenace, ve kterých účinkoval, přinesly nový, humánní a individualistický pohled na svět, jenž se zotavoval z útrap druhé světové války. Jeho práce byla zároveň výrazným protestem proti jakékoliv formě totalitarismu a nesvobody a oslavou lidské individuality a jejích nekonečných možností.
Jan Kačer si své pedagogické a umělecké vzdělání osvojil na pražské DAMU, kterou úspěšně dokončil v roce 1960. Již o rok dříve debutoval na filmovém plátně v epizodní roli ve filmu Probuzení režiséra Jiřího Krejčíka. Jeho první hlavní rolí byla pak postava ve filmu Smrt si říká Engelchen. Divadelní kariéru začínal v ostravském Divadle Petra Bezruče, po němž následovalo angažmá v pražském Činoherním klubu, kde byl dokonce jedním ze zakladatelů.
Dále působil v Divadle E. F. Buriana a byl režisérem v Divadle na Vinohradech. Od roku 1990 až do roku 2015 byl výrazným členem Činohry Národního divadla. Kromě divadla Kačer pravidelně vystupoval v mnoha populárních televizních seriálech, mezi nimiž byly Ordinace v růžové zahradě, Specialisté, Rodinná pouta nebo Dáma a Král. Jeho poslední filmovou rolí byla postava ve snímku Moc v roce 2023.
Jan Kačer byl manželem české herečky Niny Divíškové, s níž sdílel nejen svůj osobní, ale i profesionální život. Jeho odkaz a vliv na české divadelnictví a film bude připomínán dlouho potom, co nás opustil.