Během studií herectví na DAMU se Jan seznámil s Ninou Divíškovou, svou celoživotní láskou. Vzali se v roce 1962 a měli spolu tři dcery. Po absolutoriu se s Ninou a většinou spolužáků z ročníku přestěhovali do Ostravy, aby povznesli zdejší Divadlo Petra Bezruče z nejhoršího divadla v Československu na kritiky uznávanou scénu.
Po šesti letech se Kačer s Divíškovou a dalšími kolegy vrátili do Prahy, aby spoluzaložili slavný Činoherní klub. Kačer zde režíroval mnoho oceňovaných inscenací jako Višňový sad, Revizor nebo Na dně. Zároveň exceloval jako herec ve filmu Františka Vláčila Údolí včel v roli fanatického rytíře von Heide.
Kvůli svým politickým postojům a názorům byl však Kačer z Činoherního klubu vyhozen a následně mu byla zakázána činnost v Praze. Čtyři roky byl zcela bez práce. Pak strávil devět dlouhých let v angažmá v Ostravě, odloučen od rodiny, kterou navštěvoval jen o víkendech. Podle vlastních slov však nikdy neuvažoval o nevěře.
Po sametové revoluci v roce 1989 se Jan Kačer krátce angažoval i politicky jako poslanec. Za svou uměleckou práci získal řadu významných ocenění.
