Jakubiskův film Postav dům, zasaď strom (1979), který natočil po několikaleté odmlce byl mistrovským dílem. Následovala komedie Nevěra česky (1980). Vrcholem jeho tvorby 80. let 20. století je historická sága Tisíciletá včela (1983), která získala řadu ocenění, podobně jako filmová pohádka Perinbaba (1985). Předrevoluční období uzavřel filmem Sedím na větvi a je mi dobře (1989).
Po roce 1990 se Juraj Jakubisko režisérsky podílel na filmech Lepší být bohatý a zdravý než chudý a nemocný (1992), Nejasná zpráva o konci světa (1997), Post Coitum (2004), Bathory (2008) a další.
Za svou tvorbu získal řadu domácích i zahraničních ocenění. Od ledna 2003 je Juraj Jakubisko nositelem nejvyššího státního vyznamenání Pribinův kříž II. třídy za zásluhy v oblasti slovenské kinematografie. V roce 2016 získal národní filmovou cenu Slunce v síti za výjimečný přínos slovenské kinematografii. V říjnu 2016 mu udělil český prezident Miloš Zeman při příležitosti oslav 98. výročí vzniku samostatného Československa medaili za zásluhy I. stupně v oblasti umění.
